截止2022年10月，昌吉州有义务教育段学校146所，其中小学107所、初中27所；在校生135551，其中小学91676人，初中43875人；在编教职工9957人，其中小学6518人、初中3439人；专任教师8956人，其中小学5779人、初中3177人。小学入学率100%，初中毛入学率100.21%，九年义务教育巩固率110%。全州七个县市于2016年全部通过了国家义务教育基本均衡发展认定。