昌吉州民政局共有行政权力21项，其中行政许可类四项，分别为权限内社会团体成立、变更、注销登记及修改章程核准，全州性民办非企业单位成立、变更、注销登记及修改章程核准，权限内建设公墓的审核，权限内建设骨灰堂和殡仪服务站的审批。行政处罚类8项，分别为对权限内社会团体申请登记时弄虚作假，骗取登记的，或者自取得《社会团体法人登记证书》之日起1年未开展活动的处罚，对违法从事社团活动的处罚，对擅自开展全州性社会团体筹备活动的处罚，对全州性民办非企业单位骗取登记的处罚，对全州性民办非企业单位不按规定使用登记证书、印章，不按章程和业务范围开展活动等违反登记管理条例和违反其他法律、法规的处罚，对未经登记以及被撤销登记的全州性民办非企业单位，擅自以及继续以全州性民办非企业单位名义进行活动的处罚，对故意损毁或擅自移动省界界桩或者其他行政区域界线标志物的处罚，对擅自编制行政区域界线详图，或者绘制的地图行政区域界线画法与行政区域界线详图不一致的处罚。行政强制类两项，分别为收缴和封存权限内社会团体登记证书和印章，封存全州性、跨县行政区域社会团体财务凭证，收缴和封存全州性民办非企业单位登记证书、印章，封存民办非企业单位财务凭证。行政检查类3项，分别为全州性社会团体的年度检查，经营性公墓的年检，全州性民办非企业单位的年度检查。其他行政权力四项，分别为协调处理边界争议、救灾款物拨付、城市生活无着的流浪乞讨人员救助、行政复议。