组织拟订卫生健康事业发展中长期规划并实施；指导卫生健康服务体系、信息化和卫生健康统计工作；组织起草地方性法规和政府规章草案、标准，承担规范性文件合法性审查、行政审批、行政应诉等工作。承担深化医药卫生体制改革有关工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策措施的建议，组织推进公立医院综合改革工作；承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为。