昌吉回族自治州中医医院（以下简称昌吉州中医医院）建于1988年，1996年被批准为三级乙等中医医院，2012年批准为三级甲等中医医院，国家级中医住院医师规范化培训基地，中国胸痛中心、心衰中心建设单位，国家中医重点专科协作组成员单位，全国针灸临床研究中心新疆昌吉分中心，自治区院士专家工作站建站单位自治区工伤康复定点医院、自治区白内障复明手术定点医院，福建中医药大学教学医院、新疆医科大学教学医院、自治区“西学中”培训实践基地，石河子大学医学院、甘肃医学院等医学院校的教学实践医院。

医院占地47.85亩，建筑面积是10.3万㎡(包括在建的中医特色重点医院建设项目1.1万平米、租用的学生宿舍及制剂室、老年病科用房)。设有临床科室32个，医技科室13个，行政职能后勤科室17个。有国家级重点专科2个、培育科室1个，自治区级重点专科6个、培育科室2个，院内研制中药制剂品种18个。

医院现有编制床位550张（2012年审批）,实际开放1000张。人员编制442个，实有职工995人，卫生技术人员842人，其中医护725，执业注册716人。高级职称人员138，博士2人，硕士97人。全国名老中医药专家学术经验继承工作指导老师2名、全国中医特色技术传承人才3名、创新骨干人才2名，全国优秀中医临床人才2名、自治区基层青年科技人才2名、自治州高层次工作室3个。