组织起草自治州生态保护规划，开展自治州生态状况评估，指导生态示范创建工作；承担自治州自然保护地、生态保护红线相关监管工作；组织开展自治州生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作；负责全州土壤污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作，监督指导农村畜禽养殖污染治理；负责全州固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，组织实施危险废物经营许可、跨省转移及固体废物进口许可等环境管理制度；承担核与辐射安全监管工作，拟订有关政策，参与核事故应急处理，承担辐射事故应急处理工作，对放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理，承担涉核与辐射项目的环境影响评价工作。