昌吉州第五中学前身为中国石油天然气运输公司二分公司子校，始建于1966年，原校址克拉玛依市独山子区；1989年8月从克拉玛依市独山子区迁至昌吉市建国西路156号。2005年1月移交昌吉州人民政府，由州教育局直接管理，是一所九年一贯制义务教育学校。

学校地处昌吉市北京南路街道建国西路156号，绿树成荫，环境优雅，学校占地面积19869.12平方米，总建筑面积11284平方米，体育运动场面积10880平方米，绿化面积1000平方米。学校办学设备齐全，各功能室齐全，拥有舞蹈房、音乐教室、美术室、图书室、手工制作室、心理咨询室、实验室、多媒体室、机电室、航模室、烘焙室等专用教室。